Mikrobiyom verileri için UniFrac Metriği

UniFrac filogenetik temelli uzaklık metriğidir.

Bir kişinin bağırsaklarındaki mikrobik canlılar ile başka bir kişinin bağırsaklarındaki mikrobik canlılar birbirinden tamamen farklıdır. Aslında bu canlılar evrimsel açıdan birbirlerine oldukça benzer yapıdadırlar, çünkü hepsi bağırsakta yaşayan bakterilerdir. Böyle bir durumda, bu iki mikrobiyom birbirinden tamamen farklı demek istemiyoruz. Bu açıdan daha duyarlı bir test için UniFrac metriği kullanılır. UniFrac ile beta uzaklık ölçümünde dendrogram ağacının diğer örneklerde var olamayan kısmı yani o ağaca özel olan kısmı hesaplamalarda kullanılır.

unifrac

  1. resimde iki topluluk da aynıdır. Uzaklık 0’dır.
  2. resimde iki topluluk arasında birbirinden biraz farklılık vardır. Farklılık cins ve filum seviyesinde değil, OTU ve ya tür seviyesindedir. Çünkü mor çizgiler iki topluluk için de ortaktır ve bunun anlamı evrimsel geçmiş olarak ortak özelliklere sahiplerdir demektir. D=0.5
  3. resimde iki topluluk birbirinden tamamen farklıdır.  D=1.0

Ağırlıklı Unifrac (Weighted Unifrac) metriği göreceli bolluk miktarını hesaba katar. Böylelikle her dal için hangi türlerin olduğunun yanında ne kadar olduğu bilgisi de vardır. Fazlaca bulunan türleri vurgular.

Ağırlıksız Unifrac (Unweighted Unifrac) yanlıza türlerin varlığı ve yokluğu bilgisini hesaba katar. Örnekler arasında aynı olan türleri vurgular.

QIIME’de toplulular arasındaki Beta uzaklığı hesaplayıp sonra veri PCoA kullanılarak 3 boyutlu bir şekilde görselleştirilir. PCA ile PCoA arasındaki fark, PCA öklit metriği ile yapılır, PCoA daha genel halidir ve istenilen herhangi bir metrik ile yapılır.

betadiv

  1. Tüm örneklerdeki tüm mikropları içeren filogenetik ağaç ile başlıyoruz.
  2. Her iki örnek arasındaki unifrac uzaklığı hesaplanır ve uzaklık matriksi kurulur.
  3. Bu uzaklık matrisi ile PCoA yapılır ve veri görüntülenir.

340 total views, no views today