Dizilim verisi için FastQ Formatı

sra7

QIIME de fastq formatı dizilim verileri ile çalışır. SRA veritabanından fastq formatında indirilen tipik bir dizilim verisi yukarıdaki gibidir.

  • @ ile başlayan ilk satır belirleyici run kodu ve dizi uzunluğunu içerir.
  • İkinci satır, ham dizilim harfleridir.
  • + ile başlayan üçüncü satır, yine birinci satırdaki gibi belirleyici kodları içerir.
  • Dördüncü satır dizilimin kalite bilgisini içerir. Uzunluğu dizilimin uzunluğu kadardır. 4. satır başındaki karakter eğer “!” ise bu çok düşük kalite anlamına gelir. Eğer “~” ise bu de yüksek kalite anlamındadır. Soldan sağa doğru kalite belirten işaretler şu şekildedir.

!”#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\] ^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~

354 total views, 1 views today