QIIME ve QIIME ile ne nasıl çalışılacağına dair daha önceden iki yazı yazmıştım. Artık öğrendiklerimizi uygulayacağımız bir veriseti bulalım ve işe koyulalım.
Hastane Mikrobiyom Projesinden bahsetmiştim yine. Bu projenin verilerini nasıl indirebileceğimizi de bir yazımda bahsetmiştim. Şimdi indirilen veri üzerinde OTU seçimi yapacağız ve Beta ve Alfa uzaklıklarını belirleyeceğiz. QIIME kullanarak örnekleri birbiri ile karşılaştırıp, hangi tür mikropları içerdiğini görsel olarak ifade edeceğiz. Doküman ingilizce olarak hazırlandı. Aşağıdaki başlıkları içermektedir.
16S rRNA SEQUENCING DATA ANALYSIS TUTORIAL WITH QIIME
How to Obtain Microbiome Data
How to Setup QIIME
Essential files for QIIME
Sequence File (.fna)
Quality File (.qual)
Mapping File
Basic Statistics on Sequence Data
Otu Picking
Basic Statistics on OTU Table
OTU Heatmap
Data Analysis
Summarize Communities by Taxonomic Composition
Investigating Alpha Diversity
Identifying Differentially Abundant OTUs
Normalizing OTU Table
Beta-diversity and PCoA
Jackknifed Beta Diversity Analysis
Make Bootstrapped Tree
Comparing Categories
1,977 total views, 1 views today