Mikrobiyom Analizi için QIIME

QIIME “Quantitative Insight into Microbial Ecology” kelimelerin baş harflerini temsil eder, “çaym” diye okunur. Mikrobiyom analizi yapmak için geliştirilmiş phyton ile kodlanmış bir yazılımdır. QIIME ile 9 farklı mikrobik topluluğun 16S rRNA verisi analiz edilebilir. QIIME’in kullanımı aslında bazı komutların terminal ekranına yazılıp metinsel ve grafiksel çıktıların izlenmesinden ibarettir. Bazı temel linux komutlarının bilinmesi yeterlidir.

QIIME kullanımı için ilk yapılacak şey -windows kullanıcılar için – VirtualBox’ı indirmektir.

QIIME kullanımına ilişkin 4 temel protokol belirlenmiştir:

  • Ayrıştırma (Demultiplexing)
  • OTU Seçimi, Taksonomi Belirlenmesi, Phylogeny çıkarımı ve OTU tablo oluşturulması
  • Alfa Çeşitlilik (alpha diversity) ve Seyreltme Eğrileri (rarefraction curves)
  • Beta Çeşitlilik (beta diversity) ve Beta Çeşitlilik Eğrileri

QIIME’in kullanımına yönelik yayınlanmış “Using QIIME to Analyze 16S rRNA Gene Sequences from Microbial Communities” adlı makaleyi Türkçeye çevirmeye çalıştım. Tabi terimleri ne kadar doğru çevirebildim çok emin değilim. Genelde ingilizcelerini yanlarına yazmaya çalıştım bir karışıklığa sebebiyet vermemek adına.

QIIME_ile_Mikrobiyom_Analizi (PDF dosyası )

 

 

 

 

504 total views, 1 views today

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir